El Dr. Hernández-Mendiola se desempeñó como Jefe de Departamento de Caracterización de Contaminantes por Espectrometría de Absorción y Emisión Atómica en los laboratorios del Instituto Nacional de Ecología y Cambio Climático Global (INECC), donde fue signatario ante la Entidad Mexicana de Acreditación (EMA) durante 2010 a 2013. 

Actualmente es Responsable del Laboratorio de Geoquímica Multielemental, ICP-MS y de Química Ultrapura del Laboratorio Nacional de Geoquímica y Mineralogía (LANGEM), de la UNAM. Es experto instrumental en Espectrofotometría de Absorción, Emisión Atómica, Espectrometría de Masas y Cromatografía de Líquidos. Es consultor en proyectos de impacto ambiental, manejo integral de residuos y modelos de riesgo a la salud, teniendo publicaciones científicas de alto impacto en dichos temas. Desde el año 2020 forma parte del Sistema Nacional de Investigadores (SNI) del CONACYT.